Jonathan Pruneda

Assistant Professor

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1980 …2019

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SYNCHROTRON RADIATION BIOTECHNOLOGY

Blackburn, N., Blackburn, N., Blackburn, N., Hall, S. (., Phizackerley, P., Boxer, S., Suresh, S., Bernstein, B., Scavetta, R., Borhani, D., Kuhn, P., Alechine, A., Pohl, E., Pelletier, H., Laporte, S., Irving, T., Deisenhofer, J., Delarue, M., Holbrook, S., Chen, Y., Fletterick, R., Rosenzweig, A., Goodwill, K. E. N., Sage, C., Kim, K., Sundaramoorthy, M., Bergmann, U. W. E., Narayana, N., Enemark, J., Hart, P., Tiede, D., Olah, G., Unknown, [. V., Neidigh, K., Ying, S., Hwang, P., Gardea-Torresdey, J., Kiefhaber, T., Bjorkman, P., [No Value], K. R., Kirk, M., Keenan, R., Mondrag, A., Chiu, W. A. H., Chen, P., Rupp, B., Greenwald, J., Louie, G., Brinen, L., Ranganathan, R., Whitlow, M. D., Hung, L., Schuller, D., Joseph, J., Butte, M., Brudler, R., Beernink, P., Bargar, J., Raman, C., Rabedeau, T., George, M., Terry, N., Rosenfeld, R., Borgstahl, G., Bellamy, H., Iacovoni, J., Salerno, C., Plaxco, K. W., Bhaskar, B., Feher, G., Phizackerley, R. P., Ellis, P., Nautiyal, S., Rehr, J., Silberg, J., Morel, F., Knapp, M., Bott, R., Zhang, Z., Haas, E., Reiling, K., Borngraber, S., Firestone, M., Poulos, T. L., Geistlinger, T., Wilson, C., Zubieta, C., Jurnak, F., Frydman, J., Blanchard, H., Kamata, K., Williams, P., Stroud, R., Martin, J., Mazlo, J., Sevrioukova, I., Huff, C., Bingdong, S., Xuong, N., Gray, H., Robinson, R., Barondeau, D., Baldwin, E., Seungil, H., Orville, A., Funke, P., [No Value], Q., Verdecia, M., Plecs, J., Yu, E., Nguyen, J., Perona, J. J., Miller, M., Cupp-Vickery, J., Yanshun, L., Hosfield, D., Cheng, X., Sussman, D., Lacy, B., Antonysamy, S., MacHius, M., Bergmann, E., Pickering, J., Daniels, D., Everse, S., Holton, J., Harris, S., Peters, J., Cecchini, G., Usher, K., Akamine, P., Su, L. I., Bringer, A., Hausrath, A., Wilcox, S., Sagermann, M., Kresge, N., van Roey, P., Zhang, H., Stroupe, M. B., Steussy, N. I. C., Hirsch, J., Aevarsson, A., Baker, D., Hosfield, C., Rose, R., Strynadka, N., Wang, Z., Zhang, M. A. N., Leighton, T., McWhirter, S., Martinez, S., Prasad, S., Brennan, R. G., Finer-Moore, J. S., Ybe, J., Kim, K., McPhillips, T., Fisher, A., Shaw, A., Prosise, G., Sindelar, C., Parikh, S., Kovall, R., Cramer, S. P., Stevens, R., Parge, H., Mol, C., Wilson, I., Penner-Hahn, J. E., Foster, P., Borhani, D., Redinbo, M., Putnam, C., Lay, P., Kuhn, P., Wagner, R., Pohl, E., Irving, T., Deisenhofer, J., Choe, S., Merritt, E., Delarue, M., Chen, J., Lippard, S., Rudenko, G., Jardetzky, T., Fink, A., Genick, U., Skidmore, M., Safinya, C., Rosenzweig, A., Rayment, I., Shiau, A., Sauter, N., Stenkamp, R., Dewitt, J., Luecke, H., Crane, B., Doolittle, R., Arvai, A., Sundaramoorthy, M., Huang, L. A. N., Anderson, A. C., Huiying, L., Horjales, E., Focia, P., Stezowski, J., Bergmann, U. W. E., Endrizzi, J., Burgess, B., Narayana, N., Enemark, J., Prince, R., Tiede, D., Olah, G., Hedman, B., Vickery, L., Waksman, G., Rees, D., Scott, R., Kiefhaber, T., Bjorkman, P., [No Value], K. R., Salt, D., George, G., Wiener, M. C., Marks, C., David, P., Kirk, M., Keenan, R., Tsuruta, H., McKay, D., De Vos, A., Chiu, W. A. H., Hill, C. P., Chen, P., Rupp, B., Mendelson, R., Lo, T., Trewhella, J., Yeh, J., Soltis, S., Solomon, E., Ming, L., Starks, C., Thayer, M., Guan, Y. U. E., Stout, C., Rutenber, E., Klein, M., Varughese, K., Baker, E., Crowder, S., Warburton, W., Greenwald, J., Yonath, A., Berry, E., Johnson, J., Templeton, D., Curmi, P., Riggs-Gelasco, P., Weis, W., Doniach, S., Bruns, C., Brinen, L., Whitlow, M. D., Freymann, D., Einspahr, H., Bilwes, A., Schuller, D., Suresh, S., Gillmor, S., Bernstein, B., Han, G., Bourne, Y., Scavetta, R., Amzel, L., Harrison, S., Terwilliger, T. C., Redford, S., Alechine, A., Buchbinder, J., Pelletier, H., Laporte, S., Schafmeister, C., Gatewood, J. M., Jennings, P., Sablin, E., McTigue, M., Holbrook, S., Chen, Y., Frederick, C., Lattman, E., Raghunathan, S., Vivien, Y., Somoza, J., Fletterick, R., Korolev, S., Fields, B., Stowell, M., Hendle, J., Sage, C., Kim, K., Hellinga, H. W., Edwards, A., Hidong, K., Hales, B., Yu, C., Hart, P., Forest, K., Freeman, H., Rader, S., Almo, S. C., Sawaya, M., Eisenberg, D., Friedman, R. M., Neidigh, K., Ying, S., Hwang, P., Gardea-Torresdey, J., Adams, M. W., Lee, J., Ralston, C., Smith, T., Edwards, S., Lawrence, M., Kim, S., Rich, A., Mondragsn, A., Nelson, H., Kull, F., Lin, K. A. I., Canady, M., Louie, G., Grush, M., Whitby, F., Hogle, J., Fu, J., Ranganathan, R., Izard, T., Hackert, M., Hung, L., Aoyagi, M., Sonnenburg, E. D., McRee, D. E., Terry, N., Craig, L., Bhaskar, B., Garcin, E., Wallace, E., Ellis, P., Guss, M., Robert, B., Licata, V., Detitta, G., Balendiran, G., McPhillips, T. M., Latimer, M., Pickering, I. J., Borglin, S., Sevrioukova, I. F., Julie, H., Focia, P., Tubbs, J., Didonato, M., Larsen, E., Verdecia, M., Juers, D. H., Yang, X., Austin, M., Kornfield, J., Chan, D., Drennan, C., Salt, D., Daniels, D., Egea, P. F., Chiu, W. A. H., Schumacher, M., Stroupe, M. B., Carmel, A., Russo, D., Freymann, D. M., Randal, M., Swairjo, M., Strynadka, N., Riggs-Gelasco, P., Doniach, S., Vrielink, A., Goodin, D. B., Whitlow, M. D., Roosild, T., Shiou-Chuan, T., Wood, T., Smolsky, I. L., Hirsch, G., Kazuki, I., Cohen, A., Garcia, K. C., Wilson, M., Maher, M., Fink, A., Sundaresan, V., Herschlag, D., Montfort, W. R., Lanyi, J., Feher, G., Ross, J., Bjorkman, P., Baker, E., Brennan, R. G., Redinbo, M., Richard, S., Rosenzweig, A., Zhang, K., Nichol, H., Chan, M., Peters-Libeu, C., Rehr, J., Baldwin, E., Perona, J. J., Liddington, R., Scott, W., Varughese, K., Stevens, R., Eigenbrot, C., Schimmel, P., Wilson, I., Penner-Hahn, J. E., Raman, C., Rabedeau, T., George, M., Kantrowitz, E., Snell, E., Wilson, D., Lippard, S., Safinya, C., Yachandra, V. K., Getzoff, E., Stout, T., Stenkamp, R., De Beer George, S., Barondeau, D., Huiying, L., Gonzalez, A., Bussiere, D., Khosla, C., Hedman, B., Mooers, B., Bushnell, D., Fee, J., Horton, N., Rees, D. C., Scott, R., Stemmler, T. L., George, G., Tsuruta, H., McKay, D., Peters, J., Deacon, A. M., Soltis, S., Lawrence, Q., Ming, L., Stout, C., Brunger, A. T., Johnson, J., Weis, W., Murphy, M., Chang, G., Fisher, A., Kornberg, R., Mathews, I., Jude, K., Miller, G. A., He, M., Harrington, D., Schulze-Gahmen, U., Ailong, K., Benfatto, M., [No Value], W. G. J., Shafer, R., Luening, K., Krishnamoorthy, T., Stroud, R., Harbury, P., Villasenor, A., Shen, W., Yamagata, A., Cingolani, G., Bracey, M., Rosengarth, A., Genick, U., Vickery, J., Ghosh, P., Jordan, S., Cate, J., MacKinnon, R., Berry, E., Andrews, J., Choe, S., Kang, C., Gardea-Torresdey, J., Snell, G., Tsai, S., Ping, L., Brejc, K., Jalilehvand, F., Smith, C., Kennepohl, P., Brzustowicz, M., Noller, H., Lawrence, C. M., Green, M. T., Brinen, L., George, S., Aoyagi, M., Joost, P. H., Wimberly, B., Craig, L., Coleman, R., Kieft, J., Doolittle, R., Sevrioukova, I. F., Schulman, H., Julie, H., Focia, P., Hocking, R., Tubbs, J., Didonato, M., Verdecia, M., Juers, D. H., Morse, D., Egea, P. F., Jianghai, Z., Moriyama, H., Trewhella, J., Harris, H., Hjelm, R., Pingitore, N., Kenneth, N., Walter, M., Goodin, D. B., Lewis, H. A. L., Lay, P., Terry, N., Kihara, H., Baker, K., Remington, S. J., Somoza, J., Poulos, T. L., Kreusch, A., Hitomi, K., Noel, J., Matsuda, S., Weiss, A., Bullitt, E., Guss, J. M., Hur, S. U. N., Wakatsuki, S., Schreiter, E., Austin, M., Ralston, C., Salt, D., Kirk, M., Kim, S., Huang, Z., Foster, A., Bubacco, L., Russo, D., Freymann, D. M., Knighton, D., Curmi, P., Doniach, S., Mondragon, A., Tierney, D., Kuriyan, J., Salom Arbona, D., Chih-Chia, S., Warner, J., Neese, F., Luhmann, N., Stewart, L., Stec, B., Sundaramoorthy, M., Mattison, K., Zhang, Q., Bergmann, E., Parsons, J., Allen, J. P., Niebuhr, M., Noveron, J., Ikonen, T., Pojer, F., Strynadka, N., Arai, Y., Whitlow, M. D., Matthews, B., Prosise, G., Licata, V., Detitta, G., Doonan, C., [No Value], K. R., Nilsson, A., Schumacher, M., Agard, D., Goldenberg, D. N., Wakabayashi, K., Vrielink, A., Romanowski, M., McRee, D. E., Knobler, C., Bott, R., Newcomer, M. E., Pathuri, P., Balendiran, G., Carr, P., Carroll, K., Lee, S., Frydman, J., Tang, K., Auldridge, M., Kang, S. W. A., Jessica, V., Szilagyi, R. K., Kuhn, P., Wong, G., Quake, S., Latimer, M., Pickering, I. J., Maroney, M., Iverson, T., Stagno, J., Zamble, D., Pozharskiy, E., Bergmann, U. W. E., Malkowski, M., Turley, S., Yang, X., Hurley, J. B., Hill, C. P., Saphire, E. O., Solomon, E., Tang, Y. I., Swairjo, M., Riggs-Gelasco, P., Okamura, M., Groppe, J. C., Barry, C., van Petegem, F., Matsudaira, P. T., Mang, Y., Allen, K. N., O'Connor, D., Takagi, Y., Perez-Mendez, L., Murr, M., Daniel, L., Prach, L., Nimigean, C. M., Wenqing, X., Lemieux, J., Gouaux, J. E., Berger, J., Keatinge-Clay, A., Lee, T., Chen, X., Flynn, E., Streli, C., Chen, Y. U., Lamers, M., Lombana, T. N., Maris, A. N. N., Cunningham, E., Fraser, J., Ho Leung, N., Jacobs, M., Mieczkowski, C., Lacy, D. B., Gay, L., Kanai, S., Vigers, A., Zhou, Y., Baer, C., Alber, T., Gee, C., Spraggon, G., Anderson, M., Grundner, C., Scott, P., Fenton, A., Rosen, B. P., Jedrzejas, M., Roberts, S., Maduke, M., Frei, H., Nowakowski, J., Merritt, E., Weiss, T., Wedekind, J., Hidong, K., Nettles, K., Stubbs, G., Sutton, R., Garcia, K. C., McFarlane, K., Kohzuma, T., Brayer, G., Kelly, M., Roosild, T., Singh, S., Cohen, A., Hung, L., Clemons, W. M., Jensen, G., Junjun, G., Coleman, R., Blanchard, H., Stephenson, S., Pianetta, P., Lee, J., Froester, F., Carter, A. J., Lam, P., Abendroth, J. A. N., Tari, L., Lindhout, D., Wilce, M., Lingel, A., Kuglstatter, A., MacHeboeuf, P., Hansel, C., Kinney, J. H., Roca, A., Craig, L., Rosenfeld, R., Metcalf, P., Habel, L., Gupta, K., Choe, J., Doukov, T., Marcu, O., Eun-Young, K., Kantardjieff, K., Jardetzky, T., Reichow, S. L., Wasinger, E., Bateman, K., Boulanger, M., Goulding, C., Zajonc, D., Sevrioukova, I., Qing, H., Tezcan, F. A., Lograsso, P., Ozorowski, G., Tang, L., Blumenthal, D., Peisley, A., McNulty, R., Sproules, S., Sagermann, M., Holyoak, T., Pazicni, S., Kuske, C., Goodin, D. B., Brandt, G., Gouaux, J., Jungwook, K., Prach, L. M., Kerkow, D., Abbate, E., Palmer, A., Earnest, T., Card, G., Jayaraman, S., van Den Akker, F., Lay, P., Garcin, E., Changgong, L., van Petegem, F., Aniruddha, D., Viadiu, H., Kwiatkowski, W., Tung-Chung, M., Lee, K., He, M., Rubin, S. M., Lancaster, K., Wilbanks, S., Jing, H. U. A., Soutter, H., Stasser, J., Rexach, M., Webb, S., Nicholas Graham, F., Chaudhuri, B., Waters, D., Goldman, P., Louie, M., Bertin, A., Scott, E., Harris, H., Brock, J. S., Curmi, P., Kenneth, N., Patty, C. A., Sarangi, S., Tsai, C., Walter, M., Izard, T., Lieh Yoon, L., Zhang, Y. A. N., Yang, K., Huajun, F., Fortoul, T., Bingdong, S., Sousa, M. C., Zongchao, J., Schaible, E., Fenn, R. S., Liu, X. I. N., Pushie, M. J., Lyubimov, A., Xuan-Zheng, S., Chuenchor, W., Mangani, S., Kielkopf, C., Punshon, T., Clemons, W. M., Johnson, S., Betts, L., Oganesyan, V., dervan, P., MacRae, I. J., Vakulenko, S., Ficko-Blean, E., Hamaoka, B. Y., Martel, A., Subramaniapillai, K., Mayo, S., Cherezov, V. G., Changping, Z., Fu, L. I., Joubert, L., Tian, S., Della Longa, S., Gray, H., Bosch, J. P., Stoltz, B., Hjelm, R. P., Zheng, J. C., Tang, P. E. I., Pushkar, K., Wilmot, C. M., Arnold, F., Holman, K. M., Tong, L., Bercaw, J., Schultz, W., Palmer, J. H., Guan, L. A. N., Chan, D., Fuller, G., Bjorkman, P., Herschlag, D., Porta, J., Grossman, J. G., Sazinsky, M., Barton, J., Voegtli, W., Harris, S., Xu, H. E., Wang, D., Sali, A., Zhang, C., Meyer-Klaucke, W., Dong, B., Mijovilovich, A. N. A., Gulick, A., Doniach, S., Menichelli, E. R. A., Williams, J. C., Higgins, K. A., Grubbs, R. H., Gerratana, B., Carter, L., Wang, Y., Stevens, J., Zhu, J. I., Wang, X., Jennings, P., Cody, V., Lemieux, M. J., Pruneda, J., Lilyestrom, W. G., Matsui, T., Meng-Chiao, H., Ho, S., Zuber, H., Black, F., White, M. A., Wolfe-Simon, F., Weng, T., Tang, M., Reese, M. L., Rajagopal, P., Nichol, H., Rongsheng, J., Angel, L., Saltzberg, D., McCormick, M., Guo, M. I. N., Seelig, B., Luger, K., Yongqun, H., Nicholas, H., Stahanam, N., Schick, B., Cherbavaz, D., Irving, C., Hadman, B., Perry, K., Powers, L., Nanni, R., Mande, S., Brunger, A., Elder, R., Anthony, C., Ramalingam, V., Mylvaganam, S., Gillmor, S., Cramer, S. P., Stevens, R., Parge, H., Mol, C., Wilson, I., Han, G., Bourne, Y., Penner-Hahn, J. E., Amzel, L., Foster, P., Harrison, S., Redinbo, M., George, M., Putnam, C., Lay, P., Terwilliger, T. C., Bellamy, H., Redford, S., Wagner, R., Buchbinder, J., Phizackerley, R. P., Schafmeister, C., Gatewood, J. M., Jennings, P., Rehr, J., Sablin, E., Choe, S., Merritt, E., Chen, J., McTigue, M., Lippard, S., Rudenko, G., Jardetzky, T., Frederick, C., Fink, A., Lattman, E., Raghunathan, S., Vivien, Y., Pickering, I. J., Genick, U., Somoza, J., Korolev, S., Skidmore, M., Safinya, C., Rayment, I., Shiau, A., Fields, B., Sauter, N., Stenkamp, R., Stowell, M., Hendle, J., Dewitt, J., Luecke, H., Crane, B., Doolittle, R., Arvai, A., Hellinga, H. W., Huang, L. A. N., Anderson, A. C., Huiying, L., Horjales, E., Focia, P., Edwards, A., Stezowski, J., Hidong, K., Endrizzi, J., Burgess, B., Hales, B., Yu, C., Prince, R., Forest, K., Freeman, H., Rader, S., Almo, S. C., Sawaya, M., Hedman, B., Vickery, L., Waksman, G., Eisenberg, D., Friedman, R. M., Rees, D., Scott, R., Adams, M. W., Lee, J., Ralston, C., Salt, D., Smith, T., George, G., Edwards, S., Wiener, M. C., Marks, C., David, P., Lawrence, M., Tsuruta, H., McKay, D., Kim, S., De Vos, A., Hill, C. P., Mendelson, R., Rich, A., Lo, T., Trewhella, J., Yeh, J., Soltis, S., Solomon, E., Ming, L., Starks, C., Thayer, M., Nelson, H., Kull, F., Lin, K. A. I., Guan, Y. U. E., Stout, C., Canady, M., Rutenber, E., Klein, M., Varughese, K., Baker, E., Crowder, S., Warburton, W., Yonath, A., Berry, E., Johnson, J., Templeton, D., Curmi, P., Riggs-Gelasco, P., Weis, W., Doniach, S., Grush, M., Bruns, C., Whitby, F., Hogle, J., Fu, J., Izard, T., Freymann, D., Einspahr, H., Bilwes, A., Hackert, M., McRee, D. E., Skinner, M., Mondragon, A., Goodwill, K., Hodgson, K. & Pruneda, J.

National Institutes of Health

3/1/802/28/15

Project: Research project

  • Research Output

    Evaluating enzyme activities and structures of DUBs

    Pruneda, J. N. & Komander, D., 2019, Methods in Enzymology. Academic Press Inc., p. 321-341 21 p. (Methods in Enzymology; vol. 618).

    Research output: Chapter in Book/Report/Conference proceedingChapter

  • Insights into ubiquitin chain architecture using Ub-clipping

    Swatek, K. N., Usher, J. L., Kueck, A. F., Gladkova, C., Mevissen, T. E. T., Pruneda, J. N., Skern, T. & Komander, D., Aug 22 2019, In : Nature. 572, 7770, p. 533-537 5 p.

    Research output: Contribution to journalArticle

  • 11 Scopus citations

    Legionella dismantles linear ubiquitin

    Damgaard, R. B. & Pruneda, J., Aug 1 2019, In : Nature Microbiology. 4, 8, p. 1244-1245 2 p.

    Research output: Contribution to journalArticle

  • A Chlamydia effector combining deubiquitination and acetylation activities induces Golgi fragmentation

    Pruneda, J., Bastidas, R. J., Bertsoulaki, E., Swatek, K. N., Santhanam, B., Clague, M. J., Valdivia, R. H., Urbé, S. & Komander, D., Dec 1 2018, In : Nature Microbiology. 3, 12, p. 1377-1384 8 p.

    Research output: Contribution to journalLetter

  • 8 Scopus citations

    Irreversible inactivation of ISG15 by a viral leader protease enables alternative infection detection strategies

    Swatek, K. N., Aumayr, M., Pruneda, J. N., Visser, L. J., Berryman, S., Kueck, A. F., Geurink, P. P., Ovaa, H., van Kuppeveld, F. J. M., Tuthill, T. J., Skern, T. & Komander, D., Mar 6 2018, In : Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 115, 10, p. 2371-2376 6 p.

    Research output: Contribution to journalArticle

    Open Access
  • 12 Scopus citations